制药纯化水设备水储存和分配系统的合理设计对于制药用水系统是非常关键的，水储存和分配系统要有理想的设计需要满足以三点要求。
①在可接受的限度内维持水的质量；②按所需要的流速和温度把水输送至使用点；③使资金投入和操作花费低。②和③很好理解，①却经常被误解，没有必要来保护水使其避免于各种形式的退化，只要把水质维持在可接受的限制内就行了。举例说，水在储存时如果存在空气吸收二氧化碳而增加了电导率，这种退化可以通过在储存容器里充氮来避免。
近年来，随着技术的不断发展，很多的设计比如在高温下储存、连续的循环、卫生连接的使用、抛光的管道系统、轨迹自动焊、经常的消毒、使用隔膜阀已经很普遍。尽管这其中的每一项都提供了一个安全水平，但是如果认为每个系统都需要所有的这些技术是错误的，许多系统用这些技术时省略了一个或多个也的可以的。
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